Die protestantische Kirchengemeinde entstand erst nach dem zweiten Weltkrieg. Vorher war Hohenecken ein fast rein katholisches Dorf. Durch die Neubaugebiete kamen viele Protestanten in den Ort. Am Anfang war die Ökumene schwierig, zum Glück sind alte Fronten heute überwunden.
In den 50er Jahren konnte die Gemeinde dann eine Kirche bauen, die Gottesdienste in der Grundschule gehören seither der Vergangenheit an. Betreut wurden die Protestanten vom Pfarramt Dansenberg aus. Bis heute ist das so geblieben.
In den 90er Jahren erfuhr die Gemeinde zwei wesentliche Veränderungen: Über das Dekanat wurde Hohenecken ein eigener Pfarrer zugeteilt, und mit dem Bau des Gemeindehauses erschlossen sich neue Möglichkeiten in der Gemeindearbeit.
Die Gemeinde ist heute eine junge Gemeinde mit vielen neuen Ideen. Aber auch traditionelle Gruppen und Frömmigkeitsstile kommen zu ihrem Recht. Seit Oktober 2007 ist Pfr. Andreas Brosch alleine für die beiden Gemeinden Hohenecken und Dansenberg zuständig.